ヨシノボリ類は最近までカワヨシノボリとヨシノボリの２種のみと考えられていただけに区別が難しいため、それぞれの特徴を簡単に示しておく。なお、他にクロヨシノボリや、ルリヨシノボリも生息している可能性もある。

ヨシノボリの仲間の吸盤(左右の腹ビレの癒合したもの)は特に強力で水槽壁にも平気ではりつくことができる1992.7.26松浦川(唐津市)

シマヨシノボリ

頬にミミズ状の模様がある。尾ビレの点列だけで区別しない方が無難。

1992.8.14有浦川(玄海町)

オオヨシノボリ

胸ビレ基部の斑紋が輪郭の明瞭な漆黒の菱形である

1994.8.13厳木川(厳木町)

トウヨシノボリ

頬に斑点があることも多く、胸ビレ基部にぼやけた暗色斑があることもあり、尾ビレ基部がいつも橙色であるわけでもない。

1992.7嘉瀬川(大和町)

カワヨシノボリ

頬に斑点がある。胸ビレの条数を数えるのが無難

1994.8.13厳木川(厳木町)