ヨシノボリ類は最近までカワヨシノボリとヨシノボリの２種のみと考えられていただけに区別が難しいため、それぞれの特徴を簡単に示しておく。なお、他にクロヨシノボリや、ルリヨシノボリも生息している可能性もある。